为了救神谷薰（武井咲 饰）绯村剑心（佐藤健 饰）纵身跃入大海昏迷中他飘到某座小岛最终为传授了他飞天御剑流的师父比古清十郎（福山雅治 饰）所救深感到自身与志志雄真实（藤原龙也 饰）的巨大差距为了拯救全日本剑心恳请师傅传授他飞天御剑流的最高奥义与此同时志志雄剑指东京迈出武力夺国的下一步他强迫伊藤博文（小泽征悦 饰）对刽子手拔刀斋发布全国通缉令得知消息的薰、左之助（青木崇高 饰）则匆匆向东京赶去再度上路的剑心率先遭到御庭番众的首领四乃森苍紫（伊势谷友介 饰）的阻击他一路披荆斩棘将迎来与宿命的对手志志雄最终的对决…… 　　本片根据和月伸宏的同名经典漫画改编